Dirombak Ulang dan Memiliki Misi Baru
Beberapa masalah baru akhirnya muncul ketika Gestapo mulai melakukan aksi yang terkendali. Akhirnya Hitler merombak ulang organisasi ini dan diintegrasikan dengan RHSA. Meski demikian, organisasi ini tetap berjuluk Gestapo hingga akhirnya perang dunia ke-II dimulai dan Hitler memberikan mereka semua tugas-tugas baru.
Tugas mereka saat perang dunia ke-II hanyalah dua. Pertama adalah mendeteksi siapa saja yang merupakan orang Yahudi. Kedua adalah melakukan eksekusi kepada semua orang Yahudi yang ditemuinya. Misi ini Hitler berikan secara langsung agar ras superior ini hilang dan tak mengganggu apa yang dilakukan oleh Hitler.
Dalam misinya Gestapo telah berhasil mengidentifikasi sekitar 10 juta warga yahudi dan non-German. Semuanya dikirim ke kamp konsentrasi seperti Auschwitz, bergen-Belsen, dan Dachau. Di sana para tawanan disuruh bekerja dengan kondisi yang sangat buruk. Jika waktunya tiba mereka akan dimasukkan ke dalam ruangan dan disuruh menghirup gas beracun.