Bersama Tiga Serangkai menjadi tulang punggung PKI
Bersama Partai Komunis Indonesia, Njoto menjaring popularitas. Ketenarannya meningkat pesat, seiring kedekatannya dengan Aidit dan Lukman. Lebih dari itu, Njoto dipercaya untuk memelihara relasi dengan badan-badan perwakilan.
Njoto, bersama dua rekannya, dianggap sebagai tokoh penting bagi PKI. Usai peristiwa Madiun 1948, ketika kadernya banyak yang tewas, Tiga Serangkai jatuh bangun menyelamatkan reputasi partai komunis ini. Salah satunya adalah dengan menerbitkan Bintang Merah. Sebuah “media” yang digunakan untuk menghancurkan lawan-lawan politiknya.