Memiliki hubungan dekat dengan petinggi-petinggi PKI
Jiwa politik Njoto bergejolak sejak ia masih remaja. Di usia 16 tahun, dirinya sudah didapuk sebagai Wakil PKI Banyuwangi. Satu langkah yang membuatnya dekat dengan pentolan partai, D.N. Aidit dan Lukman. Selain itu, Njoto juga dipercaya sebagai Wakil Sekjen II, sekaligus orang yang menjaga relasi dengan badan-badan perwakilan.